Námětem tohoto seriálu jsou stejně jak u jeho jmenovce události mezi druhou a třetí epizodou, tzv. Klonové války. Dějovou linii se ovšem snaží přenést na vedlejší postavy a rozvijí zde příběhy, které nám mají pomoci v pochopení všech událostí a třetí epizoda na něj přímo navazuje. Setkáme se zde tudíž s Yodu, Obi-Wan Kenobim a dalších rytířů Jedi vedoucí armádu republiky proti nové Separatistické armádě droidů. Rozdíl mezi animovanou sérií je 3-D animace tohoto kousku a také to, že se má jednat o seriál s cenzurou PG-13 a tudíž jeho vysílací doba, která musí být po deváté hodině večerní, napovídá starší cílovou skupinu diváků. I stopáž jednotlivých dílů je delší.